Der Schlüssel zum Verständnis, warum PCR ein direkter Nachweis ist, sind
die Primer.*

Diese sind (vereinfacht) die jew. komplementären Stränge eines Teiles
der D/RNA, die nachgewiesen werden soll.
Um HIV nachzuweisen, wählt man eine RNA-Sequenz, die typisch für das
Virus ist und erstellt synthetisch den komplementären Strang akà Primer
für diese Sequenz.
Der Primer ist also ein bekannter Teil der Viren RNA, der vom Tester
zugesetzt wird.

Komplementär meint in diesem Kontext immer den jew. 'gegenüberliegende
Strang' der doppelsträngigen und spiegelbildlich aufgebauten D/RNA.
http://de.wikipedia.org/wiki/Ribonukleinsäure

D.h. es wird spezifisch nach RNA-Abschnitten des HIV gesucht. Die Primer
können an der restlichen D/RNA, die in der Probe vorkommt, nicht ankoppeln
und diese werden somit anschließend auch nicht repliziert. => Isolierung
in der Mikrobiologie. Der Primer ist der 'Filter' bzw. das 'Sieb'.

"Vom Aufbau her ist die RNA der DNA ähnlich. RNA-Moleküle sind – im Gegensatz zur doppelsträngigen DNA – in der Regel einzelsträngig, können allerdings in kurzen Strecken mit komplementären Basensequenzen (A-U, G-C) charakteristische Rückfaltungen ausbilden, die intramolekular den Eindruck einer Doppelstrang-Helix erwecken."
Quelle: http://de.wikipedia.org/wiki/Ribonukleins%C3%A4ure

Ich möchte mal vermuten, dass damit das Prinzip erklärt ist. Obwohl es etwas verwirrend ist in deiner sehr gut zu verstehenden Vereinfachung, so auf die Doppelhelix abzuheben. Ich nehme an, dies ist der Vereinfachung geschuldet.

Primer wären demnach: A-U, G-C.

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