1. warum soll ein gedüngtes Nährelement nicht bei den Pflanzen ankommen

Natürlich kommen gewisse Mengen Nährelemente bei den Pflanzen an, aber eben nur zum Teil. Nitratproblem im Grundwasser - schon mal gehört?
Wie gesagt die Nährelemente werden meistens wohl in Form von Salzen ausgebracht. Da sind Auswaschungen ganz natürlich.

2. alle 40 Nährelemente sind auswaschungsgefährdet, oder nur Nitrat und
Schwefel?

Google ist Dein Freund - 7.tes Ergebnis bei Suche nach "Kunstdünger Auswaschung Schwefel":

Merkblatt
Schwefeldüngung in Thüringen
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Bedeutung von Schwefel in der Pflanzenernährung
In der Vergangenheit war die S-Ernährung der Pflanzen insbesondere auf grund des hohen S-Eintrages aus der Luft aber auch infolge des hohen Anfalls von Wirtschaftsdüngern und der Anwendung S-haltiger Mineraldünger zumeist gesichert.
S-Dynamik im Boden
Die Pflanzen nehmen Schwefel vorwiegend als Sulfation (SO4 2- ) aus dem Boden auf. Sulfat ist analog zu Nitrat sehr gut wasserlöslich. Mit dem Sickerwasser wird es schnell in tiefere Bodenschichten verlagert und steht dann den Pflanzen nicht mehr zur Aufnahme zur Verfügung.
http://www.tll.de/ainfo/pdf/sdun1108.pdf

Glaubst Du, dass ich Google nicht bedienen kann?

Zuviel Schwefel kann schädlich und teuer sein
Beitrag von Dr. Frank Eulenstein
Die Schwefelzufuhr zu landwirtschaftlichen Kulturen muss sich am Bedarf der Kulturen und nicht am Stickstoffpreis des Düngers orientieren. Überhöhte Schwefelzufuhr kann zur erheblichen Erhöhung der Calcium-(Kalk)-Auswaschung und zur Bodenversauerung führen. Diese kann zur irreversiblen Zerstörung von Tonmineralen führen. Dünnsäure gehört nicht auf den Acker.
http://www.effizientduengen.de/files/newsletter.php?id=429

3. Tonminerale und Anlagerung von Ladungsträgern- schonmal gehört?

Jepp. Und Du hast gelesen, dass Bakterien und Pilze selbst sehr starke Verbindungen mit Hilfe von Säuren auflösen können?
Und außerdem: Warum muss ständig gedüngt werden, wenn doch aufgrund früherer Düngungen noch so viel im Boden ist?