Die Pflanzen bekommen den Stickstoff aus mit Ihnen in Symbiose
zusammenlebenden Mikroorganismen:

Sehr richtig. Der wissenschaftliche Begriff dafür ist Stickstofffixierung, englisch Biological Nitrogen Fixation (=BNF). Dazu findet man tausende von Seiten an Studien und Dokumenten im Netz.

Jetzt klonierst Du die Gene aus den Mikroorganismen (Pilze, Bakterien)
einfach in die Pflanze...

Wieso glaubt der Mensch immer noch er wäre schlauer als die Natur? Die grüne Gentechnik ist ein absoluter Fehlschlag (s. Selbstmorde indischer Bauern, Super-Unkräuter => inzwischen Einsatz von Agent-Orange-Bestandteilen in Spritzmitteln, immer höher steigende Grenzwerte an Glyphosat in Soja und anderem Tierfutter etc.).

Hier ein paar Beispiele für Bakterien-Pflanzen-Symbiosen, die schon entdeckt wurden und die funktionieren:

Assoziationen stickstoffbindender Bakterien mit tropischen Gramineen
http://web.archive.org/web/20080505220316/http://www.biologie.uni-hamburg.de/b-online/d...

Aus dem Kopf weiß ich noch drei Bakterienarten, die zusammen mit anderen Nutzpflanzen eingesetzt werden können:

Bradyrhizobium japonicum (für Soja), Azorhizobium caulinodans (für Raps), Gluconobacter diazotrophicus (für Zuckerrohr).
Eine der Pionierinnen für diese Symbiosen war die Forscherin Johanna Döbereiner.

Brasilien: Der Ernährer der Welt
4. Mai 2006
Es begann auf dieser satten Wiese, die leuchtet wie ein blank polierter Granny Smith. Wenn die pralle Sonne die dicken Wolken durchbricht, schließt man schnell die Augen – der Grünstich blendet zu sehr.

Johanna Döbereiner hat der Grünstich die Augen geöffnet. Die deutsch-tschechische Agrarforscherin, damals Mitte 40, stand in den siebziger Jahren im wuchernden Gras vor den Toren Rio de Janeiros, als ihr ein »Wow!« entfuhr. Und eine Prophezeiung: »In diesem satten Grün liegt Brasiliens Zukunft.« Johanna Döbereiner sollte mit dieser Eingebung zur Prophetin eines beispiellosen Agrarbooms in Brasilien werden.
...
Tatsächlich wurde die Wissenschaftlerin bald fündig: Bradyrhizobium japonicum nennt sich ein Bakterium, das sie durch Hornbrille und Mikroskop hindurch in einem der leuchtend grünen Blätter entdeckte. Ein Bakterium, mit dem sich das Blattgrün gierig den Stickstoff aus der Luft holt. Und wächst und wächst und wächst.

Die Forscherin brachte die Bakterien mit Sojasamen zusammen und konnte so dieselben Erträge wie bisher erzielen – ohne ein Gramm Dünger zu benutzen. Ein phänomenaler Erfolg: Sie wurde für den Nobelpreis für Chemie nominiert. Bundespräsident von Weizsäcker verlieh ihr 1984 das Verdienstkreuz Ersten Ranges. Nur in Brasilien blieb ihr Werk lange unbeachtet.
http://www.zeit.de/2006/19/Brasilien-Ernhrer

In unseren heutigen Äckern in Mitteleuropa, die praktisch kaum noch Leben enthalten, müssen Leguminosen vor der Aussat mit einer entsprechenden Bakterienkultur geimpft werden, d.h. in eine solche Mischung getaucht werden, damit sich da überhaupt Knöllchen (mit Knöllchenbakterien) für die Stickstofferzeugung bilden.