Kann mich gar nicht mehr erinnern wann ich, auf einem
inner-europäischen Flug, das letzte mal nach meinem Ausweis gefragt
wurde.

Meiner Erfahrung nach, muss man aber zumindest bei der Buchung ein Ausweis-Dokument und damit auch eine Nationalität angeben. Ich denke, dass die nachträgliche Korrektur so zustande kommen könnte, dass es nun zwar Fluggäste gab, die mit ihrer deutschen Nationalität gebucht bzw. eingecheckt haben, aber noch über eine zweite Nationalität verfügten.

Im Nachhinein haben dann die Regierung (die deutsche) bzw. Regierungen beschlossen, einige Passagiere offiziell doch primär ihrer anderen Nationalität zuzuordnen. Wenn es nun weniger Deutsche auf dem Flug gab, müsste es ja jetzt zwangsläufig mehr Angehörige anderer Staaten gegeben haben.

Ja, wenn mann folgende Listen vergleicht, scheint die Sache transparenter zu werden:
1. Stern
2. Ad-hoc-News (dpa)

Demnach gelten nun drei Deutsche mit zusätzlicher kasachischer Nationalität jetzt primär als Kasachen. Warum auch immer?

Ein Passagier mit zunächst "ungeklärter" Nationalität (?!) wird offenbar nun als ein Ivorer verzeichnet.