Baurechtlich sind religiöse Versammlungsräume privilegiert und fallen nicht unter die Versammlungsstättenverordnung. Nur dann, wenn man sonstige Räume hat mit mehr als 100 Personen, fällt so ein Objekt darunter.

Baurechtlich sind Moscheen wie Kirchen gleichbehandelt und daher je nach Festlegung des Bebauungsplans kaum zu verhindern. Problem oder Ansatzpunkt können die Stellplätze sein, da hier der Nachweis nicht einfach ist. Aber selbst da kann die Behörde befreien/Abweichungen erteilen.
Nach meiner Erfahrung: Wenn die Kommune die Moschee nicht will, kann sie das meist irgendwie hinbekommen mit Auflagen, dass es an unkritischeren Plätzen gebaut wird oder gar nicht. Wenn aber die Kommune das unterstützt, kann man so ein Projekt selten wirklich verhindern. Nur als Nachbar hat man hier Einflussnahme, jedoch nur im Klageverfahren als Widerspruch (z.B. in Bayern).