Jedes ernstzunehmende bilanzierende Unternehmen hat eine Kreditoren- und Debitorenbuchhaltung. Also ein eigenes Konto für jeden wiederkehrenden Kunden. So auch ein Finanzamt, GEZ, Müllgebührenverwaltung, etc.
Mein Finanzamtskasse hat mir mal einen Kontoauszug zukommen lassen (es hatte angeblich ein Euro gefehlt, habe monatelang drum gestritten) und dort ist exakt der aktuelle Saldo verbucht, sowie alle Fälligkeitsbeträge, alle Ein- und Ausgänge.
Aber: Ich habe durcheinander geratene Beträge ganz ohne Aufforderung zurücküberwiesen gekriegt (wenn ich mal was von mehreren Steuerarten zusammengefasst habe und gleichzeitig eine Mahnung mit ähnlichem Betrag reinkam). Sie werden also auch nicht einfach angehäuft.
Im Prinzip kann man dem Finanzamt so viel überweisen, wie man will. Manche überweisen einen Betrag auch in 10000 Einzelüberweisungen (ist ein gerne genutztes Schikaneinstrument - gib noch mehr). Die haben in jedem Falle die Aufgabe, den Einzahler zuzuordnen und entsprechend das Guthabenkonto zu führen.
Vorsicht: Jedes Finanzamt agiert ein wenig unterschiedlich.
Edit: Die Müllgebührerstattung wurde mir förmlich aufgedrängt. Hatte mich nach meiner Wohnsitzummeldung nach mehrmaliger Aufforderung nicht gemeldet, dann haben die eigenmächtig auf das letztbekannte Konto überweisen. Also auch hier keine Guthaben erwünscht.
Edit2: Habe bei Vodafone-Laufzeitverträgen auch immer Vorauszahlungen gemacht. Die akzeptieren's